红树林生态系统破坏原因如下：
1、清理，因为大部分人认为红树林是脏的，(蚊子超多)，但是红树林土地肥沃，很多人会砍掉红树林然后把这块地作为农田，这个也是最严重的原因。
2、过度砍伐，因为在马来西亚这类地方人们会把红树林砍来当柴烧。
3、污染，正常操作了，基本因为人类的活动。
4、过度捕捞，红树林是很多鱼类的栖息地，鱼会吃那边的食红树林生物，鱼都被抓走了，红树林就被吃完了。
5、气候变化，因为海平面上升，有些红树林适应不了，还有就是互花米草会和红树林竞争。
6、珊瑚破坏，因为珊瑚也是有阻挡波浪的作用的，珊瑚没了，红树林就得直面疾风。
7、入侵物种，恢复红树林的时候种了入侵物种。
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